Grčki predsednik Dimitrios Pandermalis je tim povodom rekao:
"Dok smo gradili novi muzej, imali smo dva cilja: da ponudimo najbolje
uslove i da pružimo toplu dobrodošlicu svim našim posetiocima. Šetnja kroz novi
Akropoljski muzej treba da bude svojevrsna šetnja kroz istoriju - između dela
arhaičnog i klasičnog perioda."
Skulpture sa Akropolja odolevale su tokom vekova. Sve do 17.
stoleća strani posetioci su mogli da uživaju u građevinama Akropolja, koje su
izgledale gotovo netaknute. Međutim, sredinom tog veka Propileji su postali
sedište komandanata turskih vojnih trupa. Tokom opsade Akropolja Mlečani su 26.
septembra 1687. godine bombardovali i uništili Partenon, koji je tada služio
kao magacin municije Otomanske vojske.
Lord Eldžin je načinio ozbiljnu štetu 1801. i 1802. godine, odnoseći kompletnu
skulptoralnu dekoraciju Partenona, hramova Atine Nike i Erehteona, koju je
kasnije prodao Britanskom muzeju u Londonu. Grci su konačno povratili Akropolj
1833. godine, tokom Grčkog rata za nezavisnost. Posle oslobađanja Grčke od
Turaka spomenici Akropolja su stavljeni pod zaštitu novoosnovane grčke države.
Ograničena arheološka istraživanja obavljena su od 1835. do 1837. godine, a
onda je, između 1885. i 1890, arheološki tim predvođen Panajotisom Kavadijom
obavio sistematska i temeljna iskopavanja.
Planom izgradnje prvog muzeja na Akropolju predviđeno je da njegova visina ne
nadmaši visinu Partenona. Sa samo 800 kvadratnih metara površine brzo se
pokazalo da je zgrada neadekvatna da primi sve iskopine pronađene na Akropolju.
Drugi, takozvani Mali
muzej osnovan je 1888, ali je srušen 1946-47. godine i originalna zgrada je
produžena. Do 1970. postalo je jasno da Muzej na Akropolju ne može da izađe na
kraj sa velikim brojem posetilaca. Neadekvatan prostor je često uzrokovao
probleme i umanjivao značaj izložbi velikih skulptura.
Prva ideja o Akropoljskom muzeju rođena je 1976. u glavi Konstantinosa
Karamanlisa. On je zamislio novu zgradu koja će biti tehnički opremljena i gde
će sve skulpture Partenona biti izložene zajedno. Tako su tokom 1976. i 1979.
organizovana arhitektonska nadmetanja, ali bez uspeha. Godine 1989. Melina
Merkuri, koja je kao ministarka kulture sav svoj mandat posvetila misiji da se
partenonski mermer vrati iz Britanskog muzeja, pokrenula je međunarodno arhitektonsko
takmičenje. Međutim, ono je poništeno nakon što je otkriveno veliko urbano
naselje na lokaciji Makrijiani, koje je poticalo iz vremena između arhajskog i
ranohrišćanskog doba.
Godine 2000. objavljen je novi tender koji je realizovan uz dogovor sa direkcijom
EU. Pobedio je projekat Švajcarca Bernarda Čumija i Grka Majkla Potiadisa.
Novi Akropoljski muzej prostire se na 25.000 kvadratnih metara, a sam izložbeni
prostor ima više od 14.000 kvadratnih metara i deset puta je veći nego u starom
muzeju.